Sur cette colline qui domine la ville, le premier sanctuaire, un ermitage et une chapelle, fut construit en 1603 à l’emplacement d’un oratoire plus ancien. L’établissement connait des agrandissements et des modifications aux XVIIe et XVIIIe siècles.
En 1839, un orphelinat est installé à Montciel. On fait bâtir la chapelle actuelle (1839-1841).
Après 1850, les jésuites installent un noviciat (1854) et construisent de nouveaux bâtiments. A la suite des lois concernant les congrégations religieuses, les jésuites sont expulsés le 30 juin 1880. En 1905,
le diocèse de Saint-Claude rachète le domaine et y installe le grand séminaire diocésain. Suite au départ des services de l’évêché vers Poligny en décembre 2016, l’établissement a été vendu.
