Le département archéologie est reconnu comme établissement muséal par la direction des musées de France en 1985 et installé dans l’ancienne usine de la Vache qui Rit. Le musée d’archéologie du Jura dispose alors d’une réserve, à laquelle s’ajoute bien vite un dépôt externalisé, de deux salles d’expositions temporaires et d’une salle de conférence. Ce service municipal obtient l’appellation « Musée de France » en 2003.
Trois ans plus tard, la Ville de Lons-le-Saunier ferme l’espace muséal et engage la refondation de ses deux musées en partenariat avec les services de l’Etat et les collectivités ad hoc : une équipe scientifique pour le service d’archéologie et le musée d’archéologie est recrutée et le centre de conservation et d’étude (CCE) René-Rémond entre en service en mars 2010.
Au CCE, le musée d’archéologie dispose de cinq réserves. Celles-ci abritent le fonds ancien, soit environ 287 caisses (pour 11 580 objets), au sein duquel figurent un médailler d’environ 3 000 monnaies et médailles et 5 000 items relevant de l’histoire naturelle. Les collections récentes, quant à elle, sont issues des diagnostics, des fouilles préventives et des fouilles programmées qui s’effectuent dans l’ensemble du département du Jura. A ce jour, le fonds récent compte plus de 7 045 caisses rassemblant 300 000 items dont 44 000 proviennent des seuls sites néolithiques des lacs de Chalain et de Clairvaux-les-Lacs, classés au patrimoine mondial de l’humanité par l’UNESCO en juin 2011.
En 2015, 30% de l’ensemble, fonds ancien et collections récentes, a fait l’objet d’un récolement. Chaque année, environ 30 000 euros (50% Ville + 50% Etat) sont consacrés aux restaurations. Depuis 2006, des collections font l’objet de campagnes de numérisation, soutenue par le Ministère de la Culture et le Conseil régional de Franche-Comté. La documentation établie, versée sur la base Joconde, intéresse des objets du fonds ancien issus des sites néolithiques de Chalain et de Clairvaux-les-Lacs, le « trésor » d’Evans de l’Age du Bronze final, les lampes à huile et les intailles antiques du site de La Comédie, à Lons-le-Saunier, par exemple.
